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How Sharing Big Data is Changing the World | Adam Summers | TEDxSanJuanIsland


[Musica]
Ciao, grazie molto per la venuta io sto andando
parlaci un po ‘ di una cosa
quello è il prossimo per la scienza e lo farò
usa un esempio della mia ricerca ma
quello di cui sto parlando è ampiamente
applicabile alla scienza, sono grande
parlerò di dati molto grandi
sono stati dati dati gratuiti per il mio intero
la carriera è stata grande che ho sempre avuto pieno
i dischetti ora i dischi ora fanno irruzioni quando io
iniziarono erano 92 kilobyte e io
li riempì poi di cento megabyte
quindi 10 gigabyte e ora enormi quantità
in modo da fisiologi abbiamo guardato i dati in
i kilobyte potrebbero essere megabyte
della genomica dei dati che ha fatto a
lavoro favoloso sia di essere grandi e di
la condivisione e l’apertura di opere nel
I megabytes che pensano una gamma di byte sono
interessato alla forma a cui sono interessato
la forma di scheletri e il morbido
tessuto che li circonda e quelli
i dati sono enormi, quindi corrono da
da gigabyte a terabyte
per set di dati singoli e la data è sempre
stato grande rispetto alle nostre capacità
ma fino a molto tempo fa i dati erano
i dati non liberi erano bloccati in poco
silos nei laboratori degli scienziati
dove non potevi arrivare da loro dove io
non potevo arrivare a loro dove loro
i colleghi non potevano arrivare a loro dove
i loro coniugi e figli non potevano ottenere
a loro nessuno potrebbe ottenere questi dati
a volte dieci anni dopo non potevano
arrivare a così ti parlerò di
grandi dati morfologici impostano il set di dati
Ne parlerò è calcolato
tomografia scansioni CT scansa prima cosa io
dirti che cos’è una scansione CT
richiede qualche favoloso burattino da dito
ecco solo un look da uccello fotorealistico
allo schermo e vedi l’uccello e
è misterioso per te perché tu
non mi ha visto entrare con un uccello ma
ora ce n’è uno, ma se mi blocco la mano
in atto ora guarda solo lo schermo e
ruotalo di centottanta
gradi guardando solo quelle ombre dentro
il tuo cervello ora puoi non solo vederlo
non era un uccello, puoi mettere il tuo
dita nella stessa posizione del mio
le dita erano in te puoi deconvolgere quelle
ombre nella forma 3d della mia mano CT
scansione è esattamente questo tranne che invece
di luce usa i raggi X quindi invece di a
ombra in bianco e nero c’è a
ombra in scala di grigi con i bit più scuri
essendo il più radio-opaco e il
i bit più leggeri sono i minimi
radiopaco
quindi la scansione TC genera un volume 3d di
densità
il risultato finale sembra quello che è un
piranha un pesce bellissimo che ho scansionato
perché volevo vedere i suoi denti quali
sono la fine commerciale della cosa giusta
questo è quello che tutti vogliono vedere
ma nel momento in cui ho guardato quella scansione I
realizzato Sapevo qualcosa su come si
Vivi molto dalla parte che puoi
vedere due costole che sono state tagliate in due
perché questo è un pesce scuola che è
davvero ben armati e quando hanno
le loro piccole discussioni tra di loro
altri portano a gravi ferite così
questi modelli di scheletri possono dircelo
come vive il pesce e sono interessato a CT
la scansione di tutti i pesci non tutti
individuo ma ogni specie ne ha 33.000
specie di pesci e alla CT convenzionale
tassi di scansione stiamo parlando di un 45
anno di progetto così appena su quando ho colpito
la mezza età dovrei fare che ho intenzione di farlo
svolgere attività fisica tra ora e poi
il killer è che questo sforzo dovrebbe costare
tra 3 e 300 milioni di dollari e come
tanto quanto amo profondamente il pesce e io davvero
Voglio dire, ne sono profondamente affascinato
loro non potrei giustificare spendere quelli
tipi di fondi per la scansione dei pesci
scheletri quindi abbiamo una scelta che possiamo
o scansiona meno specie o possiamo scansionare
più veloce e fondamentalmente non sono un
un minor numero di persone
così abbiamo raccolto fondi filantropici
in realtà una serie molto ampia di donazioni
ci ha permesso di acquistare un micro scanner CT
che vive proprio in fondo al mio
ufficio e da questo scanner I
ho scoperto due verità su cosa dovrebbe
sono state ovvie verità ma che per me
al tempo
non siamo affatto chiari per primo
queste sono tutte le scansioni CT
interrogare s– un volume cilindrico come
molte persone qui sono state effettivamente a
Lo scanner CT dà solo un rilancio van oh wow
numeri enormi che è fantastico così hai
steso lì steso lì in un letto e
o il letto va in una ciambella o
in alcuni modelli la ciambella scorre verso il basso
letto che produce un bellissimo
immagine tridimensionale del colpevole
parte del tuo corpo ciò che potresti non sapere
è tutto dentro la ciambella
tutto è stato scannerizzato te e il tuo
offendendo parte del letto l’aria intorno
tutto è stato scansionato ma sappiamo cosa
l’aria sembra e noi sappiamo che letti
sembra che fosse terribilmente
inefficienti dovremmo davvero ammassarci
almeno una mezza dozzina di persone lì
con te li esegui tutto attraverso una volta
perché tutto era stato scansionato
così quella fu la prima realizzazione del
la seconda realizzazione era più sottile e
si scopre che è vero che tu
non voglio tutta la risoluzione in qualsiasi momento
fai una foto c’è un certo
dimensione per quei pixel in CT l’an
l’analogia è voxel che è volume
elementi e tutti voi conoscete quando voi
prendi una nuova macchina fotografica cosa ti chiedono le persone
oh quanti megapixel va bene
è quello che chiedono alla prima domanda
non chiedono come è stato
ti piace che tu prenda un icepick
sai quanti megapixel ci sono
un’altra risoluzione se possiedi un CT
scanner è la prima cosa che c’è
qual è la soluzione secondo loro
chiedo è quanto posso mettere dentro una cosa grande
lì come se ci fosse un universo
dove vorrebbe ottenere cinque
migliaia di fette per millimetro di un
intero ippopotamo morto che sarebbe
più dati che adattarsi a tutti gli hard disk
negli Stati Uniti adesso no
vuoi tutta la risoluzione, quindi quanto costa
vuoi voglio dire che è una buona domanda
uno che abbiamo detto di rispondere a noi
ho esaminato molti studi e abbiamo trovato
che dipende totalmente da ciò che sei
facendo con esso e quindi cosa dovevamo fare
è stato capire quale fosse il caso peggiore
quale è la più alta risoluzione
potrebbe volere e si scopre che il
la maggior parte della risoluzione che vuoi per praticità
finalità è di circa duecentocinquanta
fette in testa quindi dammi un pesce
Posso misurare la larghezza della sua testa e
Posso dirti quale risoluzione vuoi
scansionarlo significa che posso pre
stampare cilindri con cui posso impacchettare
pesca il cilindro alla tua destra è un 30
cilindro micron 33 fette per millimetro
alla tua sinistra un cilindro più grande
è un cilindro da 50 micron che ti dà
20 fette per millimetro e posso solo
imballare il pesce lì non funziona
con gli umani nel settore sanitario è un
innovazione che ho proposto ma che gira
fuori che le persone obiettano che i pesci morti no
è una delle ragioni principali per cui lavoro
con loro
la risoluzione a cui miri dipende da
la taglia del pesce che significa quando porti
centinaia di pesci nel mio laboratorio per scansionarli
la prima cosa che ti faccio è organizzare
li in ordine di grandezza, quindi prendiamo il
campioni che verranno sottoposti a scansione
ad una risoluzione particolare e iniziamo
caricando il cilindro possiamo adattarlo a 10 a
20 campioni in quel cilindro e quando
lo scannerizziamo otteniamo questo
abbiamo reinventato quella graffetta del
a metà settimana il burrito di pesce che è
da qualche parte circa 20 specie individuali
in un gruppo di sculture scansionate da a
studente laureato di nome Thaddeus boo signore
Thaddeus è venuto al laboratorio e e noi
sviluppato questa tecnica questo è il
primo burrito di pesce che sia mai esistito
scannerizzato, lo so perché lo è
manca un’innovazione chiave che è nata
con il secondo burrito di pesce che era
mai scansionate piccole etichette radio-opache
in modo che potessimo distinguere un pesce da
un altro perché si scopre che solo quello
il più difficile potrebbe fare questo prossimo trucco usando
software libero puoi quindi sezionarne uno
pescare dal burrito riposizionarlo
qualche modo anatomicamente utile farlo
più e più volte e per 1/2 ora CT
scansiona quello che una volta era un intero dottorato
la dissertazione ora è la compensazione della gola
per il capitolo 1 possiamo scannerizzare oltre 700
specie al mese con un singolo scanner
non solo che lo scanner qui è
davvero pesante e non lascerò nessuno
portalo ovunque ma i dati possono essere
elaborato fuori sede
meglio di tutti i dati possono essere elaborati
con software open source gratuito che è
disponibile su ogni piattaforma Linux Mac PC
qualunque cosa tu voglia di cui stiamo parlando
dati molto molto grandi oltre 2.000 specie
oltre 4000 esemplari scansionano nell’ultimo
anno perché a volte vuoi sapere
cosa succede allo scheletro come
qualcosa cresce così scansiona 20 dei
stessa specie che abbiamo scansionato oltre 300
famiglie di pesci e da ieri
siamo seduti su 50 6 terabyte di
informazioni non posso dirti quanto infelice
Lo sarei se quei dati fossero qualcosa
Dovevo comprendere che dovevo
circondano e difendere da occhi indiscreti le
la cosa migliore di questi dati è che sono
accesso completamente aperto che chiunque può ottenere
accesso a tutti questi dati e analisi
con software libero chiunque nel
mondo in tutto il mondo questo
completamente democratizza il processo di
occuparsi di questi veramente critici
punti dati morfologici, quindi abbiamo
accessibilità a leva per ottenere molto
le persone accedono e imparano molto più di
potremmo mai mettere su queste cose
un sito web veramente pulito chiamato Morpho
fonte in modo da poter andare qui e scaricare
uno qualsiasi dei set di dati e lo siamo già
vedendo i benefici ho ottenuto molto
email di scuse da un meraviglioso tedesco
il neurobiologo Michael Hoffman che era
chi era terribilmente imbarazzato a dirlo
me che aveva scaricato tutti i miei dati
e perché è un mago del web e grande
a fare le superfici che aveva preso tutte
i miei dati e preso queste fette e
trasformato in 3d stampabile girevole
Modelli
e li ha messi su un sito web per
chiunque scaricare per qualsiasi scopo e
era molto dispiaciuto perché non ne era sicuro
Stavo ricevendo abbastanza credito per questo
per favore, fai cose più terribili come questa
per me è fantastico, ora puoi andare
a questo museo virtuale di naturale
La storia e Michael hanno messo il mio nome
imbarazzante in prima pagina dicendo
sai che qui c’è un mucchio di pesci di Adam
non sono il mio pesce , sono di tutti
pescare la disponibilità di questi dati
consentito un team di informatica
interessato al concetto di estrazione
un oggetto da un campo di dati che era
completamente sconosciuto li ha ispirati a
prova i loro strumenti sui miei burritos di pesce e
quindi hanno prodotto questa cosa chiamata topo
pescatore e hanno preso un lavoro che eravamo
fare manualmente nel corso di sei o
sette ore e lasciato cadere a
Compito di 15 minuti perché i dati erano
lì potevano averlo per qualsiasi scopo
volevano quindi quello che è il prossimo per la scienza
la prossima è molto più collaborazione
molto di più la condivisione di dati più aperti
accedere ai dati più pubblicazione ad accesso aperto
di risultati scientifici in modo che tu non lo sia
stando seduto lì a leggere, intendo
scusa terribile per le notizie scientifiche che puoi
seguire un link e arrivare allo scientifico
carta e il più eccitante il
disponibilità di questi enormi set di dati a
tutti invitano le sinergie attraverso i campi
fisici chimici informatici
e i biologi tutti capiscono che noi
lavorare su problemi molto simili e spesso
bisogno di strumenti molto simili quindi questi dati 3d
che conosci per me
sono utili come fonte d’ispirazione per il nuovo
ingegneria e nuove tecnologie e
potrebbero essere biomateriali per altre persone
utile per qualcosa completamente
diverso in effetti il ​​loro scopo più alto
non sono certamente le idee che ho
mentre sto raccogliendo questi dati il ​​più alto
gli scopi sono là fuori e dando
accesso alle persone ci assicuriamo che il
possibilità che essi soddisfano questi è
lì quindi qual è il prossimo è più un accesso più
collaborazione grazie
[Applausi]
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